Na wzrost średnich temperatur powietrza oraz pojawianie się ekstremalnych zjawisk pogodowych częściowy wpływ ma tzw. El Niño, czyli specyficzne zjawisko atmosferyczne, które pojawia się średnio co 2-7 lat w rejonie wschodnich wód Pacyfiku. Jego charakterystyczną cechą jest wzrost temperatury powierzchni wód oceanicznych, co powoduje zmiany w cyrkulacji powietrza i wprowadza zaburzenia pór deszczowych. El Niño stanowi jedną z trzech (razem z fazą neutralną oraz La Niñą) faz Oscylacji Południowej tzw. ENSO (z ang. El Niño Southern Oscillation). Każdy z tych okresów cechuje się innym stanem atmosfery oraz oceanu.
El Niño charakteryzuje się osłabieniem pasatów, a więc ciepłych, stałych wiatrów strefy międzyzwrotnikowej, oraz zatrzymaniem upwellingu, czyli podnoszenia się oceanicznych wód głębinowych, co z kolei powoduje wzrost powierzchniowych temperatur poprzez nasilenie konwekcji oraz wzmożenie opadów w centralnej i wschodniej części Oceanu Spokojnego. Zmiany pogodowe związane z El Niño pojawiają się w okolicach Bożego Narodzenia, mówi się, że stąd właśnie wzięła się jego nazwa, która została nadana przez rybaków zachodniego wybrzeża Ameryki Południowej. El Niño bowiem nawiązuje do Dzieciątka Jezus w języku hiszpańskim.
W fazie La Niña obserwuje się znaczne nasilenie pasatów oraz intensywne opady deszczu w zachodnich regionach Pacyfiku. La Niña cechuje się obniżeniem średnich temperatur powierzchownych, jest więc również nazywana chłodną fazą Oscylacji Południowej. Z kolei fazę neutralną charakteryzują uśrednione wartości temperatur, prędkości wiatru oraz ilości opadów.
Zmienne fazy ENSO, wpływając na klimat, mają również wpływ na lokalne rolnictwo oraz rybołówstwo w zachodniej Ameryce Południowej. Zjawisko upwellingu, które powoduje podnoszenie się wód głębinowych, stwarza korzystne środowisko dla ryb w tych okolicach, co wzbogaca regionalne połowy oraz sprzyja pojawianiu się rybożernych ptaków, których odchodami nawożone są pola uprawne. Podczas El Niño zjawisko upwellingu jest zahamowane, co poza ograniczeniem rybołówstwa powoduje również nasilenie opadów w zachodnich częściach Ameryki Południowej – na terenach Chile czy Peru, co niekorzystnie wpływa na lokalną gospodarkę rolniczą.